Gaston VII de Moncade (règne de 1229 à 1290) redevient vassal des ducs d’Aquitaine et de la couronne d’Angleterre. Il tentera toutefois de regagner l’indépendance du Béarn pendant toute la durée de son règne, sans jamais y accéder.
Au début de la Guerre de Cent ans, Gaston Fébus, vicomte de Foix-Béarn (règne de 1343-1391), crée un état du Béarn en 1347, englobant également le comté de Foix. Il fera l’acquisition de la Bigorre et de la Soule, agrandissant ainsi le territoire. L’Europe traverse alors une époque médiévale de famines, de maladies et de guerres. Gaston Fébus, surnommé le Prince Soleil, règne quant à lui sur un Etat prospère : il restaure des châteaux, fortifie des villages, construit des bastides…
Le commerce se développe, notamment avec l’Espagne. Les gaves, traits d’union entre les vallées et le piémont oloronais, ont, depuis le Moyen-Âge, été mis à profit comme source d’énergie. La force motrice de ces torrents de montagne était utilisée dans la fabrication de produits textiles (bérets, bas, couvertures, etc.). Ces marchandises, ainsi que le sel de Salies-de-Béarn étaient exportés vers les pays voisins.
A cette même époque, un traité de paix, encore en vigueur aujourd’hui, est signé entre la vallée de Roncal, en Espagne, et la Vallée de Barétous : la Junte de Roncal. Il est célébré chaque année, le 13 juillet, au col de La Pierre Saint-Martin, pour faire perdurer les accords pastoraux de bon voisinage.
Au XVème siècle, à la mort de Gaston Fébus, sont créés les Etats de Béarn, alliés au royaume de France. Pau devient capitale du Béarn et de la Navarre par l’union de la reine Eléonore de Navarre et de Gaston XI. Le royaume s’étend encore davantage sous le règne de Jean d’Albret, marié à leur fille Catherine, et héritier de terres allant du Limousin à l’Andorre. Cependant, il perd la Navarre espagnole à la fin du XVème siècle. Leur fils, Henri II d’Albret, est couronné roi de Béarn-Navarre en 1517 et tente de reprendre la Navarre du sud, sans succès. C’est une époque prospère et dynamique par ses échanges commerciaux avec l’Espagne, Bayonne et le Languedoc.